El modelo independiente de OE existe en aquellos países donde las elecciones son organizadas y administradas por un organismo que es institucionalmente independiente y autónomo de la rama ejecutiva del gobierno y que administra su propio presupuesto. Dentro del modelo independiente, el OE no depende ni le rinde cuentas a un ministerio o departamento del gobierno. Puede estar sujeto a un proceso de rendición de cuentas ante el poder legislativo o el judicial. Los OE que cuentan con un modelo independiente pueden contar con varios grados de autonomía financiera y rendición de cuentas, así como varios niveles de responsabilidad. Se componen por miembros que se encuentran fuera del ámbito de acción del poder ejecutivo, durante el periodo que estén en el OE. Muchas democracias emergentes han escogido el modelo independiente de administración electoral.

Algunos ejemplos de países con el modelo independiente para 2006 son:

Indonesia
Liberia
Mauritania
Nigeria
Polonia
Sudáfrica
Tailandia
Timor Oriental
Uruguay

Armenia
Australia
Bosnia y Herzegovina
Burkina Faso
Canadá
Costa Rica
Estonia
Georgia
India

En algunos países se establecen dos instituciones u organismos para la administración de las elecciones, ambos son independientes del ejecutivo y puede considerarse OE independientes. Es muy probable que uno de estos tenga la responsabilidad de las decisiones políticas relacionadas con los procesos electorales, y el otro que sea el responsable de conducir e implementar el proceso electoral. Pueden existir regulaciones que aíslen al OE de la influencia de la política en el personal y las áreas operativas. Algunos ejemplos de estas estructuras “dobles – independientes” son:

Jamaica
Rumania
Surinam
Vanuatu