Los votos (y los sobres, cuando resulte aplicable) se pueden apilar en grupos de diez, por ejemplo, para facilitar la elaboración del registro de los votos que se vayan contabilizando. Dependiendo del número de partidos políticos o candidatos y del número de oficiales de escrutinio, cada oficial podría ser responsable de recibir y contar todos los votos emitidos por uno o más partidos políticos o candidatos. Después, los oficiales de escrutinio pueden intercambiar las pilas de votos que contabilizaron para verificar el total de cada una.

Los oficiales de escrutinio deben contar todos los votos, incluyendo las papeletas estropeadas y los votos rechazados. Aún cuando no cuenten como válidos, estos votos son importantes para integrar el registro auditable y serán indispensables en caso de que se realice un recuento.

Para eliminar las posibles objeciones a la validez de los votos, los oficiales de escrutinio deben recibir una adecuada capacitación sobre con reglas de interpretación de las marcas en los votos que son aceptadas, así como de las razones por las que se debe rechazar un voto. Al reducir el margen que pueden tener los oficiales para interpretar las reglas del conteo se facilita la toma de decisión y se pueden reducir las disputas sobre la validez de los votos.

Si se objeta o impugna la validez de un voto, el oficial de escrutinio debe ser la única persona facultada para tomar una decisión. Para tener más consistencia en sus decisiones, el oficial de escrutinio puede poner en una pila por separado todos los votos dudosos o cuestionados y decidir sobre su validez solo después de que ha concluido el conteo de todos los votos válidos.

Como alternativa, se pueden distribuir primero todos los votos según las preferencias indicadas, decidir sobre los cuestionables y, por último, contar cada pila. Puede ser útil numerar en el reverso todos los votos cuestionados y anotar el total en el libro de votación de acuerdo con la decisión final que haya tomado el oficial de escrutinio.

Para contar los votos, los oficiales de escrutinio pueden usar una hoja de cálculo. Es conveniente que los representantes de partidos políticos, y candidatos y los observadores que presencian el escrutinio también tengan hojas de cálculo. La hoja de cálculo oficial es la que utiliza el oficial de escrutinio que está a cargo del proceso.

La hoja de cálculo facilita el conteo. Se hace una marca en la hoja de cálculo por cada voto emitido a favor de cada candidato o partido político. De forma periódica, se suman las marcas de cada candidato o partido político. Si se comete un error durante el proceso, se pueden realizar comparaciones con las otras hojas de cálculo. Si aún así no se encuentra el error, se tendrá que reiniciar el conteo desde el último punto que se haya acordado.

Es conveniente realizar una revisión final del conteo. Es usual que esa revisión se realice antes de transmitir los resultados preliminares a la oficina regional o del distrito electoral. La revisión es importante para asegurar que ningún voto haya sido cambiado a favor o en contra de algún partido o candidato. El número total de votos emitidos para cada partido o candidato, más la suma de los votos rechazados, de las papeletas sin usar y de las estropeadas tendrá que coincidir con el número total de papeletas que se recibió en la mesa antes de iniciar de votación.

Una vez que finaliza el conteo, los votos y las papeletas ya reagrupados por categoría se pueden reintegrar a la urna o introducir en los sobres que se hayan previsto al efecto, junto con los formatos correspondientes. Es necesario que el acta o declaración de resultados se introduzca en un sobre por separado y no se introduzca dentro de la urna. Es importante que sean sellados tanto el sobre como la urna antes de que sean transportados al lugar en que serán concentrados o almacenados. Todos estos documentos serán indispensables en caso de que se solicite u ordene un recuento, por eso resulta importante tomar la precaución de sellar el contenido de las urnas para asegurar que estos materiales estén disponibles si se ordena un recuento.

Para tener mayor seguridad, es necesario que los oficiales de escrutinio así como los representantes de partidos políticos o candidatos firmen el sello que se coloca a las urnas y a los sobres. Es conveniente que los oficiales de escrutinio conserven una copia oficial en caso de que se diera una pérdida del material.