Antes de abrir las urnas, puede ser conveniente verificar que en el centro de escrutinio solo estén presentes personas autorizadas. En algunos casos, la lista de personas autorizadas puede incluir a miembros del ejército y a representantes de los medios de comunicación.

Cuando las urnas del centro están listas para ser escrutadas, el oficial de escrutinio puede verificar primero los sellos de la urna y luego abrirla. El contenido se vacía sobre la mesa en presencia de los oficiales de escrutinio, los representantes de partidos políticos y candidatos, observadores, etc.

Se abren los sobres sellados adheridos a urna y se verifica la conciliación que se hizo en la mesa de votación.

Se cuentan los votos sobre la mesa para determinar su cantidad. El número de votos en la urna tiene que coincidir con el de electores que votaron. Esta cantidad se compara con la que se anotó en el formato o acta del conteo de votos que se llenó en la mesa de votación.

Antes de proceder a llenar el acta final y una vez que todos los votos han sido clasificados por candidato o partido, es conveniente efectuar una última conciliación para verificar que los totales sean correctos.

Todos los involucrados formalmente en el proceso de escrutinio (sin considerar a los observadores y al personal de seguridad) deben firmar los formatos o actas para confirmar que el conteo fue satisfactorio, o para asentar que están al tanto del origen de alguna discrepancia (si la hubiera) y que están de acuerdo con la decisión que tomó el oficial de escrutinio. Una vez que se han llenado los formatos, se vuelve a cerrar y a sellar la urna con todos los votos adentro.

En caso de que se presenten discrepancias, el proceso de escrutinio tendrá que repetirse hasta que se encuentren las papeletas perdidas, aunque sólo sea una, y coincidan todas las cifras.

Si después de la verificación siguen sin poder conciliarse las cifras, se tiene que informar del problema al organismo electoral para que realice una verificación de su contabilidad o control de las papeletas (especialmente de las que se enviaron a la mesa). Mantener informadas a las altas autoridades de cualquier problema es una parte importante de la transparencia que necesita una elección.

Si no se resuelve el problema, será necesario realizar las correcciones requeridas en los formatos de conteo de votos (así como en cualquier formato en el que se requiera esta información) que hayan sido firmados por los representantes de partidos o candidatos. Las nuevas cifras que se anoten serán las válidas y oficiales para la mesa o urna implicada.

En algunos países, cuando las cifras del escrutinio no pueden conciliarse o no se ubican dentro de un margen de tolerancia (por ejemplo, que la diferencia no sea mayor a 2, 3 ó 5 papeletas), la legislación prohíbe continuar con el escrutinio.

En algunos casos, si se sospecha de fraude, es necesario retrasar la apertura de las urnas y el escrutinio de su contenido hasta que el organismo electoral investigue el problema y decida qué hacer con las urnas. Los oficiales electorales y cualquier otra persona involucrada en el proceso deben haber sido enterados e instruidos sobre este tipo de procedimientos.

Mezcla de resultados para proteger la secrecía

Bajo ciertas condiciones, el organismo electoral combina o mezcla los resultados de varias urnas. Esto normalmente se realiza cuando el procedimiento de votación abre la posibilidad de que se pueda identificar a las personas que depositaron su voto en una urna en particular; o cuando el número de votos sea tan reducido que sea posible saber el sentido de su voto.

En esos casos se puede comprometer la secrecía del voto. Los resultados tienen que combinarse o mezclarse con los de otra urna. Esto también se puede realizar cuando sea necesario garantizar la seguridad de los electores, por ejemplo, cuando exista el riesgo de que una comunidad sufra represalias por el sentido de su voto.

Estos problemas se pueden reducir si se mezclan las papeletas de dos o más urnas de distintas áreas y después se realiza el escrutinio de manera conjunta.

También se pueden mezclar los resultados de los electores encarcelados, por correo o de cualquier otra categoría de electores que utilicen los votos especiales. Como este tipo de votos suelen contarse en la oficina central del organismo electoral o en un centro de escrutinio en específico, puede ser fácil mezclarlos para proteger la secrecía del voto.

De nueva cuenta, solo para uso interno, se puede buscar alguna forma diferenciar los distintos tipos de voto para contar con un registro auditable adecuado.