La lista periódica electoral tiene algunas desventajas:

• La totalidad del proceso de registro electoral tiene lugar en un periodo de tiempo relativamente corto, con esto se incrementa el riesgo de interrumpir el registro a causa de inclemencias climáticas o turbulencias políticas.
• En los casos en que la ley no establece las fechas para llevar a acabo las elecciones, hay un tiempo muy limitado para conseguir la información y hacer los cambios necesarios de la lista de electores. El trabajo apresurado puede afectar  los imperativos de calidad por la necesidad de completar las listas preliminares al momento de iniciar las campañas, y  la lista definitiva para el día de la elección.
• De los tres criterios de evaluación de un registro electoral -precisión, actualidad e integridad-, la lista periódica es especialmente susceptible a tener problemas con la precisión y la integridad de la información. En ambos casos la causa es la ejecución del registro en un período muy corto de tiempo. Esto hace mucho más difícil revisar la coherencia de la información, con lo cual disminuye la precisión. A lo anterior se añade la dificultad de contactar a algunos electores para su registro, con lo cual incrementan los problemas de integridad de la lista.
• Puede ser necesario alargar el periodo de campaña con la finalidad de permitir la integración de la lista de electores. Si el registro tiene lugar durante el periodo de campaña, la calidad del registro puede llegar a un ser un tema de controversia en la campaña misma, otorgándole  a algunos partidos la oportunidad de criticar al gobierno.
• Al disponerse de un tiempo reducido para levantar la información, su procesamiento puede imponerle pesadas cargas de trabajo a otras áreas de soporte, tales como las encargadas de la captura y procesamiento de información. A fin de contar con suficiente para procesar la información, puede ser necesario realizar el registro con mucha antelación a la elección. Pero como resultado de lo anterior, es posible que las personas que alcancen la edad para votar después del periodo de registro pero antes del día de las elecciones no tengan la oportunidad de votar a menos de que se tomen medidas especiales para registrarlas.
• Como la lista periódica se  integra en ocasión de cada elección, invariablemente representa inversiones muy fuertes en periodos específicos. El costo del registro de electores se concentra dentro de un periodo determinado y no a lo largo de un ciclo de electoral.
• Los elevados costos  pueden ser difíciles de absorber para ciertos gobiernos. Los gobiernos usualmente sólo pueden manejar modestos incrementos de presupuesto pero quizá no puedan enfrentar el reto de proveer los recursos concentrados que se necesitan para realizar una lista periódica en ocasión de cada elección.