El registro civil tiene algunas desventajas:

• Es muy costoso su establecimiento y mantenimiento. Aunque permite que la lista de electores sea fácil de generar,  el registro en sí mismo requiere un despliegue  considerable de recursos. A pesar de lo anterior, por razones que no tienen que ver tanto con las elecciones, el gobierno puede decidir mantener un registro civil. Si es el caso, el uso de la información de este tipo de registro para la integración de la lista de electores es casi obvio.
• El registro civil por lo general se basa en un número de identificación nacional, lo que permite la vinculación de varias bases de datos. Los países que no utilizan un número de identificación nacional pueden encontrar muchas más dificultades para crear un registro civil con un alto nivel de actualización, precisión e integridad.
• En varios países el registro civil se comenzó a desarrollar a partir de registros realizados por iglesias y las primeras versiones estaban en papel. Los registros civiles actuales tienden a ser automatizados por medio de sistemas de cómputo, lo que permite a las autoridades civiles tomar todas las ventajas sobre las posibilidades de manejo de información de este tipo de listas. El registro civil puede ser utilizado efectiva y eficientemente para integrar una lista de electores, pero tanto las autoridades civiles como las electorales requieren una infraestructura informática altamente desarrollada para manejar las bases de datos.
• En la base de datos de un registro civil, se recomienda tener cuidado en el mantenimiento de la información que se necesita para la administración de las elecciones y la integración de la lista de electores. Cualquier nombre añadido a la base de datos debe ser automáticamente asignado a la división administrativa correcta. De esta forma, el sistema requiere programas de cómputo apropiados y personal de apoyo para manejar el desarrollo de la infraestructura informática.
• En algunos países, el registro civil puede provocar  la idea de tener a un “gran hermano orwelliano” que vigila todas las actividades, lo que motiva la aversión a la creación de este tipo de lista.
• De la misma forma, algunas personas temen el uso inapropiado de una base de datos centralizada, tal como lo es un registro civil. La preocupación es que la información pueda ser utilizada para propósitos comerciales no autorizados o que existan insuficientes restricciones en el intercambio de información entre las dependencias de gobierno.
• El sistema de registro civil hace que la autoridad electoral dependa del gobierno para la integración y mantenimiento de la lista de electores. Cuando los partidos políticos de oposición, los grupos de la sociedad civil o el electorado se tienden a ser escépticos o desconfiados de la acción del gobierno, el escepticismo se extiende a la autoridad electoral y, por ende, a la lista electoral. Es importante para la autoridad electoral tenga, y sea capaz de demostrar, independencia del gobierno. Hasta cierto grado, el sistema del registro civil disminuye la independencia al hacer que la autoridad electoral dependa de instancias gubernamentales para realizar una de sus principales funciones. Cuando existe una confianza general en la integridad del gobierno, lo anterior no tiene importancia. Sin embargo, si hay poca confianza en el gobierno, el uso de un sistema de registro civil puede crear percepciones de que no tiene la calidad requerida o de que este sesgado a favor de los simpatizantes del gobierno y, por ende, reducir la legitimidad de la autoridad electoral.
• Si el ministerio responsable del mantenimiento del registro civil tiene poca disposición o capacidad para mantenerlo actualizado o completo, la autoridad electoral se ve forzada a integrar  la lista de electores a partir de una base de datos muy deficiente.