تمثل الأمانة العامة لهيئة إدارة الانتخابات الذراع التنفيذية في جميع نماذج هيئة إدارة الانتخابات. وفي النموذج الحكومي لهيئات إدارة الانتخابات تعد الأمانة العامة هي هيئة إدارة الانتخابات ذاتها في معظم الحالات تقريبًا، وقد تسهم أيضًا في وضع السياسات استنادًا إلى توجيهات السلطة التنفيذية للحكومة. أما في نموذج هيئات إدارة الانتخابات المستقلة، فتمثّل الأمانة العامة الهيكل الذي يعمل تحت مستوى أعضاء هيئة إدارة الانتخابات المعني بصنع السياسات/المهام الإشرافية، وهو يشمل الموظفين المسؤولين عن تنفيذ الفعاليات الانتخابية. وعند استخدام النموذج المختلط، يكون المكوِّن الحكومي من هيئة إدارة الانتخابات هو الأمانة العامة، حيث تتولى مسؤولية الجوانب التنفيذية. كما يكون لمكوِّن هيئة إدارة الانتخابات المستقلة أمانة عامة أيضًا لتوفير الخدمات الإدارية الخاصة بها.
وعند استخدام النموذج المستقل، تنطبق صفة الاستقلالية المؤسسية على كل من أعضاء هيئة إدارة الانتخابات وكذلك على الأمانة العامة. وبالمثل، عند استخدام النموذج الحكومي، يكون كل من أعضاء هيئة إدارة الانتخابات (حال وجودهم) والأمانة العامة جزءًا من السلطة التنفيذية. أما عند استخدام النموذج المختلط، فعادةً ما تكون عملية صنع السياسات مستقلة عن السلطة التنفيذية، بينما يبقى التنفيذ تابعًا للسلطة التنفيذية، وعادةً ما يتبع وزارة الداخلية أو وزارة العدل.
قد يتم تعيين موظفي الأمانة العامة في هيئات إدارة الانتخابات في النموذج الحكومي أو المكوِّن الحكومي في ظل النموذج المختلط بصفة مؤقتة، حيث يقومون بمهام أخرى أثناء الفترات الخالية من الأنشطة الانتخابية. أما بالنسبة لهيئات إدارة الانتخابات في النموذج المستقل، فعادةً ما يرأس الأمانة العامة مدير يعمل بدوامٍ كامل، والذي تطلق عليه تسميات عدة مثل مدير الانتخابات (كما في تنزانيا وزامبيا)، أو الأمين العام (كما في بوركينا فاسو وجمهورية مقدونيا التابعة ليوغوسلافيا السابقة وتايلند)، أو كبير موظفي الانتخابات (كما في أفغانستان)، أو مفوَض الانتخابات (كما في أستراليا). وفي بعض البلدان، مثل أستراليا وتونغا، يكون رئيس الأمانة العامة عضوًا أيضًا في هيئة إدارة الانتخابات.
