En los países federales, pueden existir OE separados a nivel nacional y en cada estado/provincia, operando bajo distintos marcos legales y posiblemente utilizando distintos sistemas electorales. Tanto los OE a nivel nacional como provincial pueden tener estructuras territorialmente desconcentradas. La  naturaleza de la relaciones entre estos OE y las atribuciones y responsabilidades de cada uno depende de las disposiciones contenidas en la ley.

Existen distintas formas de abordar esta relación. Entre sus ejemplos se pueden mencionar los siguientes:

• En Australia y Canadá el OE nacional es responsable de las elecciones nacionales (federales), mientras que los OE provinciales son responsables de las elecciones provinciales y locales.
• En Brasil, los OE de carácter estatal generalmente son responsables de la organización de todas las elecciones, el OE nacional es responsable de la integración y declaración de los resultados para los cargos nacionales.
• En la India, el OE nacional ejerce una supervisión, control y dirección general sobre todas las elecciones del Estado. La conducción de estas elecciones es responsabilidad directa de la oficina estatal del jefe de elecciones, un funcionario del servicio civil designado por el OE nacional.
• En Nigeria, el OE nacional tiene la responsabilidad de organizar las elecciones federales y estatales mientras que el OE a nivel provincial únicamente es responsables de las elecciones locales.
• En la Federación Rusa, un OE central a nivel nacional es responsable de todas las elecciones federales; los OE regionales son responsables de las elecciones en las 89 regiones que conforman la federación; los OE de menor rango son responsables ante el OE central para elecciones federales y ante los OE regionales para las elecciones regionales y locales.
• En Suiza un OE nacional es responsable de la coordinación política, mientras que las autoridades locales administran las elecciones.

Si bien en los sistemas federales se presentan algunas rivalidades entre los OE a nivel nacional y provincial, también se dan casos de cooperación. Por ejemplo, en Australia las leyes electorales estatales disponen que el mantenimiento del registro de electorales para las elecciones provinciales y locales se lleve a cabo conjuntamente con el OE nacional, en lugar de que las provincias mantengan sus propios registros. Este tipo de colaboración tiene un impacto significativo en términos de costo-beneficio.