هناك العديد من المشاكل التي يتوجب على هيئة ادارة الانتخابات ان تتغلب عليها لتحقيق مستوى مقبول من المهنية . قد يكون بعضها في هيئة ادارة الانتخابات نفسها ، مثل قضايا وضع اولويات الموارد . وأخرى قد تكون في عناصر البيئة الخارجية لهيئة ادارة الانتخابات . 

المنــــاخ السيــــاسي
يحدد المناخ السياسي الذي تجري فيه الانتخابات ، المصداقية والشرعية الانتخابية . وفي ظروف الخوف السياسي ، والترهيب ، والعنف ، في مجتمعات لا تحترم سيادة القانون ، أو حيث تكون الحكومات بلا شفافية او مسائلة ، يصبح من الصعب ادارة انتخابات ذات مصداقية . ومع ذلك ، لايزال بالامكان لهيئة ادارة الانتخابات المهنية التوجه ، ان تعمل جاهدة تحت هكذا ظروف لأظهار الالتزام بالمبادئ الاخلاقية وبذلك ستسهم في جهود بناء الثقة بالعملية الانتخابية . من الامثلة على هيئات ادارة الانتخابات والتي قدمت نتائج مقبولة في ظل أصعب الظروف المنهكة تتضمن هيئات ادارة الانتخابات في أفغانستان  (2004) ، العراق (كانون الثاني / يناير 2005) ، موزمبيق (1994) ، نيكاراغوا (1990) ، وجنوب افريقيا (1994).

الأطـــار القــــانوني
ان الاطار القانوني الانتخابي السليم ضروري للتخطيط الناجح ولتطبيق الاحداث الانتخابية ولمهنية هيئات ادارة الانتخابات . وحيثما لايرقى اطار العمل القانوني الى المعايير المقبولة ، قد تواجه هيئات ادارة الانتخابات مصاعب في القيام باحداث الانتخابية مقبولة من قبل جميع اصحاب المصلحة ، وهكذا سيبدوا كونه غير مهني . 

لغرض تجنب الاضطرابات السياسية و غيرها من اوجه عدم التيقن والتي يمكن ان تقوض العملية الانتخابية ، من المفضل اكمال التغييرات على اطار العمل القانوني قبل فترة طويلة من الحدث الانتخابي . وهذا يسمح لهيئة ادارة انتخابات بالوقت الكافي لتثقيف العامة حول التغيرات ، ووضع التعديلات الضرورية على سياقاتها ، وتدريب موظفيها . كما وتعطي ايضا للأحزاب والمرشحين الوقت لتعديل خططهم ان اقتضت الضرورة . وعلى اية حال فان خبرة العديد من هيئات ادارة الانتتخابات ، وخصوصا تلك في الديمقراطيات الناشئة ، من الشائع ادخال تغييرات على اطار العمل الق 

الهيئات الوقتية لأدارة الانتخابات  
الهيئات الوقتية لأدارة الانتخابات كتلك في بعض اجزاء شرق أوربا ، قد تعاني من انقطاعات قد تقوض تطويرها المهني . فيما يكون لدى الهيئات الدائمة لأدارة الانتخابات وقتا ومواردا لتدريب موظفيها فيما بين الانتخابات ؛ قد يكون للأدارة الوقتية 90 يوما فقط للعمل ، والذي يجعل التدريب وبناء القدرات الطويلة الامد مستحيل عمليا . ان الاعتماد الكلي للهيئة الوقتية لأدارة الانتخابات على موظفي الخدمة العامة المعارين وقتيا قد يقوض ايضا مهنية هيئة ادارة الانتخابات ، وخصوصا بسبب عدم قدرة الدائرة التي اعارتهم ، الى اعارة نفس الموظفين لهيئة ادارة الانتخابات في كل حدث انتخابي . 

مبلغ تمويل هيئة ادارة الانتخابات وتوقيته 
ان عدم تناسب دقة أو توقيت مبلغ التمويل يمكن ان يقوض برامج التطوير المهني لهيئة ادارة الانتخابات . بعض هيئات ادارة الانتخابات وخصوصا في الديمقراطيات الناشئة ، تناضل للحصول على التمويل الكافي لأحداثها الانتخابية . عندما يتم الحصول على الاموال في نهاية المطاف ، قد يكون من المتأخر جدا تطبيق تدريب هادف للموظفين ، خصوصا لموظفي الانتخابات الوقتيين . قد يكون للتمويل شروطا تحدد بشكل غير مناسب خيار هيئة ادارة الانتخابات في انماط تطوير وتدريب الموظفين .