Un registre de l'état civil comporte notamment les désavantages suivants.
- C'est un système qui coûte cher à établir et à maintenir. Bien que la liste électorale soit générée à partir de ce registre, des ressources considérables sont nécessaires pour le maintenir. Toutefois, si pour des raisons autres qu'aux fins des élections le gouvernement décide de maintenir un registre de l'état civil, la suite logique est d'utiliser ces renseignements pour établir la liste électorale.
- Les bases de données du registre de l'état civil doivent contenir les renseignements dont les administrateurs électoraux ont besoin et qui sont nécessaires pour établir la liste électorale. Le système doit s'assurer que lorsqu'un nom est ajouté à la base de données du registre de l'état civil, il est également assigné à la bonne division administrative.
- Dans certains pays, le maintien du registre de l'état civil est associé à la notion de « grand frère » d'Orwell et les citoyens prennent la création d'un tel registre en aversion.
- De même, dans certains cas, les citoyens craignent l'utilisation d'une banque de données centrale telle que le registre de l'état civil. Ils craignent que les données soient utilisées pour des fins commerciales non autorisées ou que l'échange des données parmi les unités gouvernementales ne soit pas limité.
- L'existence d'un registre de l'état civil fait que les administrateurs électoraux doivent se fier au gouvernement pour la production de leur liste électorale. Si l'électorat est sceptique face au gouvernement, ce scepticisme s'étendra à la liste électorale. Si le ministère responsable du maintien du registre de l'état civil ne peut pas ou ne veut pas maintenir un registre exact, à jour et complet conformément à des normes préétablies, les administrateurs électoraux sont alors forcés d'établir une liste électorale à partir de données boîteuses.
- Si la liste électorale est établie à partir des données d'un registre de l'état civil, cette liste doit être maintenue soit par le même organe du gouvernement (comme en Colombie), ou par d'autres organes, ce qui exige un système de communication efficace.51
