Así como en el caso de los sistemas de voto manual, los sistemas de voto electrónico deben poder ser objeto de auditoría, es decir, debe ser posible examinar los procesos utilizados para reunir y contar los votos y recontar los mismos, a fin de confirmar la exactitud de los resultados. El mayor peligro para los sistemas de voto electrónico es la posibilidad de injerencia externa en ellos y que la misma pueda pasar desapercibida, afectando los resultados de la votación. Esta es la razón por la que una vigilancia independiente y amplia de la seguridad, la auditoría, la verificación y los informes deben ser una parte fundamental de los sistemas de voto electrónico.
Existen diferentes mecanismos para auditar a un sistema de voto electrónico. Algunos sistemas incluyen un «registro auditable verificado por el votante", también conocido como “papeleta verificada por el votante". Estos sistemas incluyen registros en papel de la votación, que han sido verificados por el elector en el momento de emitir el voto y que pueden ser utilizados para un recuento en una fecha posterior. Aunque, un registro de ese tipo sólo puede utilizarse en los sistemas de voto electrónico ubicados en los sitios de votación, ya que el votante tiene que estar físicamente presente en el lugar en que su voto ha sido registrado e impreso para el control.
Otros sistemas de voto electrónico incluyen un "registro auditable verificable por el votante”. La diferencia entre los sistemas explicados anteriormente y este último es que, en el primer caso es obligatorio que los votantes confirmen su voto antes de que lo emitan. En el segundo caso, los votantes pueden verificar su voto, pero no tienen que hacerlo. En algunos sistemas, las cédulas o papeletas de votación se imprimen sólo cuando los votos han sido emitidos y son guardados en un lugar cerrado. Estas cédulas también se pueden usar para un recuento. Pero hay que aclarar que los votantes no verifican las papeletas impresas.
Otros sistemas incluyen la divulgación del código o programa fuente y/o la documentación sobre el sistema de voto electrónico, de manera que los electores y/o representantes de los partidos políticos y organizaciones de la sociedad civil tengan la oportunidad de examinar su exactitud.
Con independencia del método de inspección que se elija, es fundamental que el sistema de voto electrónico tenga herramientas o medidas de auditoría para cada uno de las principales etapas del proceso electoral (la votación, el escrutinio). El sistema de auditoría también debe permitir a los observadores independientes el supervisar las elecciones o el referéndum (sin revelar el posible resultado o conteo final). El sistema de auditoría tiene que ser capaz de detectar el fraude electoral y dar garantía de que todos los votos contados sean auténticos.
La naturaleza de los sistemas de auditoría es reunir una gran cantidad de información. Sin embargo, si se conserva demasiada información, puede ponerse en riesgo la secrecía del voto. Un sistema de auditoría del voto debe mantener el anonimato del votante en todo momento. En todos los casos, la información recogida por el sistema de auditoría tiene que ser protegida contra accesos no autorizados.
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