La lista permanente tiene varias desventajas:

• Las autoridades electorales necesitan más personal permanente que el que requeriría una lista periódica. Lo cual implica mayor presupuesto.
• Varios empleados permanentes del organismo electoral requerirían tener capacitación y habilidades avanzadas. Así, es probable que necesiten desarrollo profesional continuo.
• Un mayor número de empleados con mejores habilidades podrían alcanzar un perfil más profesional para la administración electoral. Sin embargo, el tamaño del equipo y el profesionalismo tendrán implicaciones presupuestales. El registro continuo no tiene gastos excesivamente concentrados en ningún periodo, pero eso no significa que sea menos costoso en general. Los gastos se distribuyen a lo largo del ciclo electoral.
• La autoridad electoral necesita que el personal tenga experiencia técnica, particularmente en lo referente al manejo de equipos y programas de cómputo, para mantener y actualizar sistemáticamente  la información.
• Los ciudadanos tendrían que cumplir con los requerimientos para proveer la información necesaria para actualizar el registro electoral, o la autoridad electoral tendría que establecer acuerdos para compartir información con otras instancias públicas. De otra forma, al final de la fase de la preparación de la lista el número de revisiones podría ser excesivo.
• La autoridad electoral tiene que mantener  la precisión de la lista. Se han presentado serios problemas en algunos países donde el mantenimiento del registro electoral ha sido lento y descuidado. El manejo negligente de una lista permanente representa un riesgo potencial de fraude electoral o, al menos, abre la puerta para que surja un escándalo administrativo. 
• La diligencia también es crucial para asegurar la integridad de la lista de electores. En varias jurisdicciones, los ciudadanos son sensibles ante la posibilidad de que se comparta su información personal entre diferentes instituciones gubernamentales. Ante ello, al recolectar información y actualizar un registro permanente, la autoridad electoral acepta la responsabilidad de mantener la seguridad de la información, si existe alguna falla en esto, la reputación como organización independiente y profesional sufre daños.
• Actualizar requiere frecuentemente una extensa cooperación entre diferentes instituciones de gobierno. Esto sólo es posible cuando existen una cultura y una estructura administrativa apropiadas.
• En la administración de un registro permanente, es indispensable  identificar y darle seguimiento a los cambios demográficos de gran magnitud. De acuerdo con algunas estimaciones, entre el 20 y 25 por ciento de las personas residentes en los grandes centros urbanos tienen movilidad cada año. (ojo aquí te volaste el siguiente  renglón que distorsiona por completo las cifras que siguen); entre un 2 y un 4 por ciento de la población alcanza la edad para votar durante un año  y un porcentaje similar pueden llegar a fallecer o dejar de cumplir con algún requisito para poder votar. En virtud del efecto acumulativo de estos cambios a lo largo de los cuatro o cinco años que usualmente median entre una y otra elección, el reto que implica mantener actualizado el registro puede ser descomunal. Afortunadamente, los cambios demográficos no son azarosos y se les puede dar seguimiento concentrando la atención en segmentos estratégicos de la población.
• En el sistema de registro permanente de electores suele haber diferencias  entre el momento en el que ocurren  algunos  cambios  y el momento en el que se registran en  la lista electoral. Esa diferencia puede ser relativamente larga en  algunos métodos de actualización, lo que da como resultado que la lista de electores sea débil en términos de actualidad. Una solución a este problema puede ser la de  permitir el registro el día de las elecciones. Esto puede eliminar efectivamente las preocupaciones acerca de la actualidad de una lista, debido a que los electores tienen la oportunidad de actualizar sus datos en las mesas de votación. Pero esto tiene desventajas:
• Uno de los principales propósitos de tener una lista de electores es separar dos de las funciones más importantes de la autoridad electoral: verificar la elegibilidad del elector y conducir la votación. Si un gran número de electores se registran en las mesas de votación, esto disminuye la utilidad del registro y puede incrementar dramáticamente el tiempo que toma la emisión del voto.
• Otro tema es cómo prueban los electores su identidad. Si el registro ocurre en las mesas de votación, debe haber un alto nivel de certidumbre en la comprobación de la identidad del elector  y en que cumple  todos los requisitos para poder votar.