Algunas de las desventajas de la lista periódica son:

• Implica una alta cresta presupuestal. Su costo se concentra casi exclusivamente en el periodo de registro, en vez de distribuirse a lo largo de todo el ciclo electoral (es decir, durante el periodo completo entre elecciones).
• En virtud de que la totalidad del proceso de registro se concentra en un margen de tiempo relativamente corto, se incrementan los riesgos de disrupción motivados por acontecimientos climatológicos o políticos impredecibles.
• Especialmente cuanto se utiliza en elecciones parlamentarias del estilo Westminster, brinda un lapso muy corto de tiempo para recabar la información e introducir los cambios necesarios. A menudo se da el caso de que un trabajo apresurado, dictado por el imperativo de completar las listas preliminares y finales para preparar la campaña electoral y la elección misma, comprometen la calidad de la información y de los listados.
• Puede requerir un periodo más largo de campaña, si es que se integra a lo largo del mismo.
• Para algunos gobiernos puede resultar difícil absorber las crestas presupuestales que impone su desarrollo. A menudo los gobiernos pueden manejar incrementos presupuestales moderados. Sin embargo, los fondos y recursos necesarios para integrar debidamente un registro periódico pueden tensar severamente un presupuesto gubernamental ya de suyo estrecho.
• El procesamiento de toda la información sobre los electores, su recolección durante un periodo muy corto, imponen fuertes cargas en otras áreas de apoyo, como las de registro o procesamiento informativo. Algunas veces el periodo de tiempo que toma ejecutar las tareas de registro requiere que este se lleve a cabo con mucha anticipación al día de la elección. Esto puede provocar que personas que cumplen la mayoría de edad después de que se lleve a cabo el registro pero antes de la elección queden excluidas del derecho al voto, a menos que se adopten medidas correctivas para su inclusión.