Al inicio de la votación, es importante que se cuenten las papeletas (y los sobres, cuando sea el caso) que fueron entregados por el organismo electoral y que se anoten esas cifras en el formato correspondiente.

Al cierre de la votación, la primera tarea que es pertinente realizar antes de separar y contabilizar los votos es contar el número de papeletas utilizadas (de ser el caso y de preferencia considerando los talones foliados usados), el de sobres sin usar (cuando resulte aplicable), el de papeletas sin usar y el de votos estropeados. En esta etapa la urna permanece cerrada.

El número total de papeletas escrutadas debe corresponder con el número de papeletas recibidas al inicio de la votación. También se verifica el número de electores que votaron utilizando la lista de electores y los datos del libro de registro de la votación.

Es muy importante que se conserven registros precisos del número de papeletas utilizadas en cada mesa de votación. Esto permitirá que el organismo electoral demuestre que los votos de cada mesa de votación son genuinos y que los votos no fueron depositados fraudulentamente en la urna o que no fueron llevados fuera de las mesas de votación.

Discrepancias

Si hay discrepancias en el proceso de conciliación, puede ser necesario repetir el escrutinio para revisar las anotaciones que se hicieron en el libro de registro acerca de los votos estropeados y volver a contar las papeletas sin usar y, de ser el caso, los folios usados.

Si continúan las discrepancias, puede ser necesario volver a verificar con una autoridad de mayor jerarquía (con el oficial del distrito electoral o con el organismo electoral) el número de papeletas que fueron enviadas a la mesa de votación e informarle de la situación. Una parte importante de la transparencia que requiere cualquier elección o evento electoral consiste en mantener informadas a las altas autoridades de cualquier problema.

Si no se encuentra solución, se tendrán que efectuar modificaciones o cambios al libro de registro de la votación, a los formatos de escrutinio, a las hojas de cálculo y a la declaración de resultados para que reflejen el número adecuado de papeletas. Para validar estas nuevas estadísticas y para asegurar que todos los que deban conocer los cambios estén informados de la situación y estén de acuerdo con ello, los oficiales de la mesa de votación y escrutinio, y los representantes de partidos o candidatos que estuvieron presentes en las mesas de votación tendrán que firmar los formatos y el libro de registro de la votación.

Una vez que se hizo la primera conciliación, el oficial de escrutinio verificará que los sellos permanecen intactos y que el número de serie es el mismo que ese registro en la apertura de la mesa de votación. Si se usan candados, entonces la persona a cargo debe pedir a la persona que tenga el juego de llaves que ayude a la apertura de las urnas.

Esta información tendrá que anotarse en el libro de registro de la votación. Después, la urna se abrirá y el contenido se vaciará en la mesa. Estos votos (o sobres) se contarán y se compararán con las estadísticas que se hayan obtenido previamente.

El número de votos (o sobres) en la urna debe coincidir con el número de electores que votó, cifra que se puede obtener contando el número de folios usados (número de votos usados) y de papeletas sin usar menos el número de votos estropeados. Después del escrutinio de votos para cada candidato/partido/opción se realiza otra conciliación con el objetivo de verificar que todas las estadísticas coincidan antes de que se realice la declaración de resultados de la mesa de votación.

Si se presentan discrepancias, será necesario repetir el proceso de escrutinio una o dos veces hasta que se encuentren los votos perdidos- o una explicación para la discrepancia-.

Si después de la verificación no se encuentran los votos perdidos, entonces será conveniente informar del problema al organismo electoral y hacer una verificación en el registro de la votación (con una verificación especial del número de votos enviados a la mesa de votación). Si aún así no se encuentra solución, se harán las observaciones necesarias en los formatos para que así los firmen los oficiales de escrutinio y los representantes de partidos y candidatos. Esta nueva estadística será la que se considere oficial para la mesa de votación.

En algunos países, la legislación, las normas o los funcionarios del organismo electoral pueden impedir que continúe el escrutinio de votos que no puede conciliarse, o que no muestra una variación aceptable (por ejemplo, que la diferencia no es mayor a dos, tres, o cinco votos). Si se descubren discrepancias importantes, se pueden aplicar ciertas previsiones contemplas por la ley.

En algunos casos, si se sospecha de fraude, puede ser necesario retrasar la apertura y el escrutinio del contenido de las urnas hasta que el organismo electoral investigue el problema y decida qué hacer con las urnas. Los oficiales de las mesas de votación y escrutinio deben ser debidamente instruidos sobre estos procedimientos en la capacitación que se les brinde. Cuando se realizan varios tipos de elección el mismo día, como elecciones presidenciales, legislativas y municipales, es común que se encuentren votos en la urna equivocada. En esos casos el oficial de escrutinio debe transferir las papeletas a la urna adecuada, conciliar todos los votos y elaborar un reporte para cada caso. Después de esto es conveniente realizar una conciliación del escrutinio de la votación y, si no hay discrepancias, el oficial de escrutinio puede iniciar el conteo de votos.