La plupart des critiques du système RP tournent autour de deux thèmes principaux : sa tendance à créer des gouvernements de coalition avec tous les désavantages qu'ils entraînent et l'absence, dans la plupart des cas, d'un lien d'imputabilité géographique entre le député et son électorat. En général, on critique les systèmes RP parce qu'ils entraînent les situations suivantes.
- Des gouvernements de coalition. Ces gouvernements mènent souvent à des impasses législatives et à l'incapacité subséquente de mettre en oeuvre des politiques cohérentes au moment où les besoins sont les plus pressants. Ils font face à des risques particulièrement élevés immédiatement après la transition, lorsque les nouveaux gouvernements ont d'importants défis à relever. La prise de décisions rapide et cohérente peut être entravée par des cabinets formés par une coalition et des gouvernements d'unité nationale divisés par des factions.
- Une fragmentation déstabilisatrice du régime de partis. Le système RP reflète et facilite la fragmentation du régime de partis. Au moment des négociations visant à former des coalitions, un tel pluralisme peut permettre à des petits partis minoritaires de tenir en otage les plus grands partis. De ce point de vue, l'inclusivité du système RP est perçu comme une faiblesse. En Israël, par exemple, les partis religieux extrémistes sont souvent un élément crucial de la formation des gouvernements et l'Italie a connu cinquante ans d'instabilité, résultat des changements de gouvernements de coalition.
- Une plate-forme pour les partis extrémistes. Dans ce sens, on critique souvent les systèmes RP parce qu'il donnent une présence sur la scène parlementaire aux partis extrémistes de gauche ou de droite. Certains ont avancé que la République de Weimar devait sa chute au fait que le système électoral RP avait permis aux groupes extrémistes de s'implanter.
- Des coalitions qui ont trop peu d'intérêts communs soit du point de vue de leurs politiques ou de leur base partisane. Ces « coalitions fondées sur la commodité » sont parfois comparées aux plus fortes « coalitions fondées sur l'engagement » produites par les autres systèmes (comme le vote alternatif), au sein desquelles les partis dépendent des votes des partisans des autres partis pour leur élection.
- La difficulté de renverser un parti au pouvoir. Sous un système RP, il peut être très difficile de renverser un parti de taille moyenne. Lorsque les gouvernements sont normalement des coalitions, il est vrai que certains partis politiques sont omniprésents au gouvernement, en dépit de leurs faibles performances électorales à l'occasion. Aux Pays-Bas, en dépit d'une part toujours moindre de suffrages, le parti Christian Democratic Appeal (CDA) est demeuré le partenaire principal dans des gouvernements de coalition pendant 17 ans.
- L'affaiblissement du lien entre les députés et leurs électeurs. Lorsqu'une simple RPSL est utilisée et que les sièges sont attribués dans des circonscriptions nationales gigantesques, comme c'est le cas en Namibie ou en Israël (voir Namibie : une représentation proportionnelle de listes et La réforme électorale en Israël), le système est souvent critiqué pour son effet destructeur sur les liens entre les électeurs et leur député. Les électeurs sont incapables de déterminer l'identité des personnes qui vont les représenter, que ce soit le représentant de leur ville, de leur circonscription électorale ou de leur village, au moment de l'élection; ils sont également relativement impuissants face à une personne qui, selon eux, s'est mal acquittée de ses fonctions ou s'est mal comportée et qu'ils voudraient rejeter. Ce facteur a été particulièrement critiqué dans certains pays en voie de développement, à vocation rurale, où l'identification des électeurs à leur région de résidence est parfois considérablement plus forte que leur identification à un parti politique.
Dans le même ordre d'idées, le système RP à base de listes nationales bloquées est critiqué parce qu'il remet trop de pouvoir entre les mains des chefs de parti et du parti central. La position d'un candidat sur la liste de partis et, par conséquent, ses chances de succès dépendent en grande partie de sa capacité de se faire apprécier par la direction du parti, pour qui la relation avec l'électorat est d'importance secondaire.
En outre, l'adoption d'un système RP présume l'existence d'une structure de partis reconnus, puisque les électeurs doivent voter pour des partis plutôt que des personnes ou des groupes de personnes. Cela rend la RPSL particulièrement difficile à implanter dans les sociétés où il n'y a pas de partis ou qui sont en train de mettre en place une telle structure.
Finalement, d'autres obstacles à l'utilisation des systèmes RP viennent du fait qu'ils sont peu connus dans les pays ayant des liens coloniaux avec l'Angleterre ou la France et que certaines variations sont perçues comme étant trop compliquées pour être facilement comprises des électeurs ou pour la mise en application par les administrations électorales.
