Le système est souvent critiqué parce que le vote préférentiel est une méthode inconnue dans plusieurs sociétés et qu'il présuppose, à tout le moins, un degré d'alphabétisation et une certaine facilité avec les chiffres. Le dépouillement d'un VUT est également très complexe, ce qui peut le rendre moins attrayant pour certains.
Le VUT présente également les désavantages de tous les parlements élus par des méthodes RP, comme la tendance, sous certaines conditions, à augmenter le pouvoir des petits partis minoritaires. En outre, contrairement à la RPSL, le système peut à l'occasion entraîner la fragmentation interne de partis politiques, parce qu'au moment de l'élection, les candidats d'un même parti sont en concurrence entre eux, tout autant qu'ils le sont avec les candidats de l'opposition, pour l'obtention des voix.
En pratique, cependant, plusieurs des éléments de critique soulevés ne posent pas de problème. Les élections VUT en Irlande (voir Irlande : un système typique de vote unique transférable), à Malte (voir Malte - Vote unique transférable adapté) et en Tasmanie (voir Vote alternatif en Australie) ont toutes produit des gouvernements relativement stables et légitimes formés de un ou deux partis principaux.
