Avant de procéder à l'ouverture des urnes, il est souhaitable de s'assurer que seules les personnes autorisées sont présentes, y compris les membres des forces armées dans certains cas.
Une fois les urnes arrivées au centre et prêtes à être dépouillées, le responsable vérifie les scellés de l'urne, ouvre les enveloppes scellées qui accompagnent chaque urne et vérifie la réconciliation des bulletins qui a été effectuée au bureau de vote. L'urne est alors ouverte et son contenu versé sur la table en présence des personnes autorisées à assister au dépouillement.
Les bulletins versés sur la table sont comptés et le nombre vérifié contre celui apparaissant à l'inventaire des bulletins, ce qui doit correspondre au nombre d'électeurs qui ont voté au bureau de vote concerné.
Après avoir classifié et compté tous les bulletins par candidat, parti ou option référendaire, on procède à une dernière réconciliation afin de confirmer que tous les totaux sont exacts, pour ensuite inscrire les données officielles au relevé des votes pour chaque bureau. Toutes les personnes présentes (sauf les préposés à la sécurité) devraient signer les formulaires pour confirmer l'exactitude du compte des bulletins ou pour signaler qu'ils connaissent la cause de toute erreur s'il en est, et pour indiquer qu'ils sont d'accord avec la décision de la personne responsable du dépouillement. Une fois les formulaires remplis et les bulletins mis en liasses, ces derniers sont déposés dans l'urne qu'on referme au moyen d'un nouveau scellé (voir Apposition des scellés).
Si des erreurs de réconciliation surviennent, on doit répéter le compte jusqu'à ce que l'erreur soit décelée, même s'il ne s'agit que d'un seul bulletin de vote. Si l'on ne découvre pas la cause de l'erreur même après vérification, on doit prévenir l'organisme électoral afin que leur inventaire des bulletins puisse être vérifié (surtout en ce qui concerne le nombre de bulletins fournis au bureau de vote). Dans le but de protéger la transparence de l'élection, il importe de porter à l'attention de l'organisme électoral tout problème qui pourrait survenir. Si la cause de l'erreur ou la solution est impossible à trouver, on doit effectuer les correctifs nécessaires à l'inventaire des bulletins, au relevé des votes signé par les représentants et à tout autre formulaire dans lesquelles les données afférentes sont mentionnées. Les données corrigées deviennent dorénavant les chiffres officiels pour l'urne concernée.
Dans certains endroits, la loi, la réglementation ou des directives prévoient que si la réconciliation des bulletins est impossible ou que l'erreur est au-delà d'un certain écart (deux, trois ou cinq bulletins), le dépouillement de l'urne concernée est discontinué. Si les erreurs sont suffisamment sérieuses, des directives locales pourraient établir la nature de l'action appropriée. Si des activités frauduleuses sont soupçonnées, l'organisme électoral pourrait dans certains cas ordonner de suspendre le dépouillement d'une urne pour lui permettre d'enquêter sur le cas et de prendre la décision qui s'impose. Ces possibilités devraient être portées à l'attention des préposés au dépouillement lors de leur formation.
Fusionnement des résultats et secret du vote
Certaines circonstances peuvent faire en sorte que le vote de tous les électeurs d'un bureau de vote pourrait être connu à cause de la nature des procédures ou encore parce que le nombre d'électeurs d'un bureau est assez restreint qu'il se pourrait que tous votent pour le même candidat ou parti. Dans de telles circonstances, l'organisme électoral peut décider de fusionner les résultats de plusieurs bureaux de vote.
Ces mesures peuvent être justifiables pour éliminer le risque de représailles auquel pourraient être exposés les électeurs d'un bureau de vote ayant voté majoritairement en faveur d'un candidat ou d'un parti.
On peut éviter ces problèmes en combinant dans une même urne les bulletins issus de deux ou de plusieurs urnes en provenance d'endroits différents et en attribuant tous les résultats à une seule urne. Il faut alors faire les mentions appropriées sur les formulaires de résultats. Un dépouillement centralisé se prête bien à de telles modifications aux procédures de dépouillement, pourvu qu'on prenne soin de faire mention, exclusivement pour la piste de vérification interne, du nombre de bulletins trouvés dans chaque urne.
Le fusionnement des résultats peut également s'appliquer pour le vote des détenus ou des électeurs absents ou pour toute autre catégorie d'électeurs votant par bulletin spécial. Puisque ces votes sont normalement comptés au quartier général de l'organisme électoral ou dans un centre de dépouillement, ils peuvent être facilement mariés avec d'autres résultats afin de protéger le secret du vote. Ici encore, il ne faut pas omettre de faire une annotation spéciale du nombre de bulletins par catégorie pour permettre de maintenir la piste de vérification requise.
