Antes de proceder a la apertura de las urnas debería comprobarse que únicamente están presentes en el centro de escrutinio las personas autorizadas. En algunos casos la lista de personas autorizadas podría incluir a miembros de las fuerzas armadas.
Una vez que las urnas estén en el centro de escrutinio y estén listas para ser escrutadas, el responsable del escrutinio verificará los precintos de las urnas y los abrirá. Los contenidos se vacían en una mesa en presencia de los trabajadores del escrutinio, representantes de partidos políticos, candidatos y de los observadores electorales nacionales e internacionales, etc. Se abren los sobres unidos a las urnas y se comprueba la conciliación realizada en la mesa electoral.
Se cuentan las papeletas en la mesa para establecer la cantidad. El número de papeletas de la urna debe coincidir con el número de individuos que votaron. Dicha cifra debe compararse con la recogida en el formulario contable de papeletas rellenado en la mesa electoral.
Una vez que todas las papeletas han sido ordenadas y escrutadas por candidato / partido político / opción se realiza una última conciliación para verificar que todos los totales son correctos antes de introducir los datos oficiales y completar el acta electoral de la urna.
Todos los que participen en el proceso de escrutinio, (excluyendo a observadores electorales nacionales / internacionales y al personal de seguridad), deberán firmar los formularios confirmando la validez de la contabilidad de las papeletas o declarando conocer la existencia de diferencias (si las hubiera) y su conformidad con la decisión adoptada por el responsable del escrutinio. Una vez completados los formularios y atadas las papeletas, la urna será cerrada y precintada de nuevo con todas las papeletas dentro, ver Precintado de Papeletas.
En caso de discrepancias, el proceso del escrutinio debe repetirse hasta que se encuentren las papeletas perdidas aun cuando se trate de una sola. Si después de la comprobación las papeletas perdidas aún no han sido encontradas, el Organismo de Gestión Electoral deberá ser informado del problema y se deberá proceder a la comprobación del escrutinio de papeletas (sobre todo la comprobación del número de papeletas enviadas a la mesa electoral).
Mantener informadas a las autoridades superiores de cualquier problema forma parte de la transparencia necesaria en las elecciones. Si no se encuentra una solución, deberán hacerse las enmiendas correspondientes en los formularios contables de papeletas (y en cualquier otro medio de presentación de esta información), así como en el acta electoral firmada por la autoridad encargada del escrutinio y representantes de partidos políticos / candidatos / opciones. Esta nueva cifra se convertirá entonces en la oficial para dicha urna.
En algunas jurisdicciones, la legislación, reglamentos, o directivas podrían prohibir proseguir con el escrutinio de papeletas imposibles de conciliar o que no están dentro de cierto margen permitido (por ejemplo cuando la diferencia no es de más de 2, 3 o 5 papeletas).
Si se descubren diferencias significativas, podrían aplicarse reglas locales a las medidas adoptadas. En algunos casos, si se sospecha de la existencia de un importante fraude, podría ser necesario retrasar la apertura y el escrutinio del contenido de una urna hasta que el Organismo de Gestión Electoral investigue el problema y decida qué hacer con ella. Las autoridades electorales y otros participantes deben conocer estas disposiciones durante su formación.
Fusión de los resultados para proteger el secreto
En algunos casos, los Organismos de Gestión Electoral combinarán, fusionarán, o unirán los resultados de varias urnas. Normalmente esto se lleva a cabo cuando el procedimiento de votación permite identificar a toda persona que haya depositado su voto en urna concreta o cuando el número de votos de la urna es tan pequeño que se corre el gran riesgo de que todos los votos sean para un candidato o partido.
En dichos casos, el secreto del voto podría quedar comprometido. Los resultados deberían combinarse (mezclarse o unirse) con los de otra urna. También podría recurrirse a esta solución cuando pueda garantizar el secreto de voto individual. Existe el riesgo real derivado del hecho de que las personas que votaron en una mesa electoral particular donde se haya votado predominantemente en un sentido concreto puedan resultar perjudicadas.
Estos problemas pueden resolverse mezclando las papeletas de dos o más urnas de diferentes áreas y posteriormente atribuyendo todos los votos a una urna, previa anotación de los resultados en los formularios. La existencia de un centro de escrutinio permite hacer este tipo de modificación eficaz en los procedimientos de escrutinio. Sólo para uso interno y para garantizar la claridad en las pautas de fiscalización, podría hacerse una mención especial del número de papeletas por caja.
El combinar (fusionar) resultados también sería aplicable a los electores encarcelados, ausentes u otra categoría de votantes que usen papeletas especiales. Podrían combinarse (fusionarse) resultados fácilmente con otros resultados para proteger el secreto del voto, ya que normalmente las papeletas se computan en la oficina principal del Organismo de Gestión Electoral o en un centro de escrutinio específico. Una vez más y sólo para uso interno y para garantizar la claridad en las pautas de fiscalización, podría hacerse una mención especial al número de papeletas por caja.