Los sistemas de cómputo están integrados por códigos complejos. Los programas de cómputo que realizan funciones sensibles relacionadas con una elección deben operar correctamente, pues de otra forma se puede poner en riesgo su éxito y su legitimidad, Por ejemplo, un intruso podría violar la seguridad, acceder al código de un programa y alterar los resultados de una elección de una forma que sería muy difícil detectar.
Por tanto, los códigos de seguridad son otra línea de defensa en la batalla por garantizar la seguridad de la tecnología electoral.
Auditores externos pueden revisar los códigos utilizados en un sistema de cómputo electoral y verificar que ejecute sus funciones debidamente. Los códigos que han sido auditados externamente pueden luego ser "confiscados" o llevados a un sitio seguro bajo control independiente de la autoridad. Esto permite que la versión "confiscada" sea comparada con la versión en "vivo" del código utilizado para una elección.
De esta forma, no solo es posible verificar que el código de la computadora está exento de cualquier falla oculta o intento deliberado de manipulación, sino también para verificar que una vez que ha sido utilizado no ha sido sustituido o alterado.
Este nivel de seguridad puede no ser necesario para todos los códigos utilizados por un organismo electoral. Sin embargo, es muy útil para sistemas clave como los de votación o conteo electrónico.
Otra forma de probar la integridad del código de una computadora es utilizando un código de "fuente abierta" y no el integrado originalmente. Mientras el código original generalmente no es revelado públicamente, el de fuente abierta si lo es, por lo que los programadores externos pueden auditarlo y verificar que opera debidamente. Esto puede ser deseable cuando los partidos contendientes desean verificarlo independientemente para propósitos electorales. Determinar si las ventajas de contar con un código abierto compensan los riesgos de identificar áreas de vulnerabilidad será una decisión que tendrá que ponderarse en cada caso concreto.
Para mayor información sobre las funciones de auditoría ver Evaluación y Auditoría.