El sistema de VUT es a menudo criticado sobre la base de que el llamado "voto preferencial" es poco conocido en muchas sociedades y demanda, por lo menos, un alto grado de alfabetismo y conocimientos de matemáticas. El intrincado conteo de votos es bastante complejo, lo cual también se considera una desventaja.
Al VUT también se le imputan las desventajas de todos los parlamentos que han sido elegidos por métodos de RP, como el hecho de que bajo ciertas circunstancias incrementa el poder de los pequeños partidos minoritarios. Adicionalmente, en ocasiones este sistema -a diferencia de la RP por lista directa- puede generar presiones para que los partidos políticos se fragmenten internamente, ya que en períodos electorales los miembros del mismo partido compiten por el vot entre sí, al mismo tiempo que lo hacen con la oposición.
Sin embargo, muchas de estas críticas han mostrado ser poco problemáticas en la práctica. Las elecciones por medio del VUT en Irlanda (ver Irlanda: El Arquetipo del Voto Único Transferible), Malta (ver Malta: El Sistema de Voto Único Transferible con Algunos Giros) y Tasmania (ver El Voto Alternativo en Australia ) produjeron gobiernos estables y legítimos, compuestos de uno o dos partidos importantes.
