La mayoría de las críticas a la RP están basados en dos cuestiones fundamentales:
- Su tendencia a propiciar gobiernos de coalición, con sus desventajas inherentes.
- La falla de algunos sistemas de RP para generar un fuerte vínculo geográfico entre los representantes y el electorado.
Los argumentos más difundidos en contra de la RP son:
- Genera gobiernos de coalición que propician parálisis legislativa y la consecuente incapacidad de ejecutar políticas coherentes en momentos críticos. Existen sobre todo altos riesgos durante períodos de transición, cuando los nuevos gobiernos provocan grandes expectativas. Una toma de decisiones rápida y coherente puede ser obstruida por gabinetes de coalición y gobiernos de unidad nacional que estén divididos en facciones.
- Crea una fragmentación desestabilizante del sistema de partidos. La RP refleja y facilita la fragmentación del sistema de partidos. Existe la posibilidad que un pluralismo polarizado permita a pequeños partidos minoritarios poner en jaque a los grandes partidos durante los procesos de negociación de una coalición. A este respecto, la inclusividad de la RP es considerada como una desventaja del sistema. En Israel, por ejemplo, los partidos religiosos extremistas son a menudo cruciales para la formación de gobierno, mientras que Italia ha soportado 50 años de gobiernos de coalición inestables y cambiantes (ver Reforma Electoral en Israel).
- Facilita una plataforma para partidos extremistas. Los sistemas de RP son a menudo criticados por dar una plataforma parlamentaria a los partidos extremistas de izquierda o de derecha. Se ha argumentado que el colapso de la Alemania de Weimar se debió en parte a la forma en la cual el sistema electoral de RP le dió paso a grupos extremistas.
- Genera gobiernos de coalición que no tienen bases comunes en términos de políticas o de bases de apoyo. Estas "coaliciones de conveniencia" son a veces contrastadas con las más fuertes "coaliciones de compromiso" producidas por otros sistemas (como el VA), en las cuales los partidos tienden a ser recíprocamente dependientes de los votos de los seguidores de otros partidos para su elección.
- Limita la posibilidad de retirar a un partido del poder. Bajo un sistema de RP puede ser muy dificil remover del poder a un partido razonablemente fuerte. Cuando los gobiernos provienen de coaliciones, es cierto que algunos partidos se mantienen siempre en el gobierno a pesar de debilidades electorales ocasionales. En Holanda, los demócrata cristianos (ACD) permanecieron como el partido líder en el gobierno pdurante 17 años a pesar de su decreciente votación (ver Holanda).
- Lleva a un debilitamiento del vínculo entre los parlamentarios y sus representados. Cuando se utiliza la RP por lista y los escaños se asignan en un solo y gran distrito nacional, como en Namibia (ver Namibia - Representación Proporcional por Listas Nacionales en el Sur de África ) o Israel (ver Reforma Electoral en Israel), el sistema es a menudo criticado por destruir el vínculo entre los votantes y sus representantes en el parlamento. Los votantes no tienen la capacidad de determinar la identidad de las personas que los representaran y no existe, por tanto, ninguna representación definida de su pueblo, distrito o villa; ni tienen la capacidad de rechazar fácilmente a un individuo si consideran que ha tenido un mal desempeño en el cargo. Este factor ha sido particularmente criticado en los países rurales y en vías de desarrollo, donde la identificación de los votantes con su región de residencia es considerablemente más fuerte que su identificación con cualquier partido político.
De manera correlativa, la RP mediante listas cerradas a nivel nacional es criticado por dejar demasiado poder en manos de la cúpula partidaria y al servicio de los viejos líderes. La posición de un candidato en la lista del partido y, por consiguiente, su probabilidad de ganar, depende de los favores que obtenga de los jefes de partido, cuya relación con el electorado es de carácter secundario.
Además, el uso de los sistemas de RP presupone un cierto tipo de estructura partidaria reconocida, ya que se espera que los electores voten por los partidos en vez de votar por los individuos o grupos de individuos. Esto vuelve a la RP por lista más difícil de aplicar y probablemente menos significativa en aquellas sociedades que no tienen partidos o tienen estructuras de partido débiles y embrionarias (ver
Jordania: Diseño de un Sistema Electoral en el Mundo Árabe).
Finalmente, los sistemas de RP a veces tienen una barrera que superar debido a que todavía son sistemas poco conocidos en varios paísescon legado colonial francés e inglés y porque algunas variantes son consideradas como demasiado complejas para que los votantes las entiendan o para que la administración electoral las instrumente.