تعتبر العلاقة بين أعضاء هيئة إدارة الانتخابات وبين أمانتها العامة أمرًا هامًا سواء في نموذج هيئة إدارة الانتخابات المستقلة أو المختلطة. وقد تختلف الأدوار التي تسند إلى أعضاء هيئة إدارة الانتخابات اختلافًا كبيرًا. فمن المتوقع أن تعتمد هيئات إدارة الانتخابات المكونة من أعضاء يعملون بدوامٍ جزئي نهجًا لا يستلزم العمل عن قرب في استعراض الخطوط العريضة لسياسات هيئة إدارة الانتخابات والإشراف عليها، بينما قد يشارك الأعضاء العاملون بدوامٍ كلي بشكل مباشر. وقلما ينخرط أعضاء الهيئة المستقلة في ظل هيئة إدارة الانتخابات المختلطة في تفاصيل الجوانب الإدارية، بينما تزداد مساهمتهم في الإشراف على النزاهة بشكل عام ومراقبة الجودة. في الانتخابات التي تجرى عند التحول إلى الديمقراطية متعددة الأحزاب، قد يجد أعضاء هيئات إدارة الانتخابات بموجب النموذج المستقل والتي تستخدم أمانة عامة قوامها من موظفي العموم، وكذلك أعضاء الهيئة المستقلة في ظل نظام هيئة إدارة الانتخابات المختلطة، ضرورة للاضطلاع بدور تنفيذي وإداري مباشر وواضح للعيان، وذلك بهدف تعزيز مصداقية العملية الانتخابية. وفي بعض البلدان قد يتولى أعضاء هيئة إدارة الانتخابات مسؤولية إحدى إدارات الأمانة العامة. وحيثما كان أعضاء هيئة إدارة الانتخابات مشاركين في مهام القيادة والإدارة اليومية لأنشطة الهيئة، كما كان الحال في إندونيسيا في عام 2004، فإن تخصيص توجيهات ومهام إشرافية محددة بهذه الطريقة يوضح المسؤوليات ويزوِّد موظفي الأمانة العامة بمزيد من الوضوح. ويقوم الأعضاء المستقلون في هيئة إدارة الانتخابات في تايلند بدور مشابه يميل إلى الناحية الإدارية.
وتتضمن العناصر التي يمكن أن تعزز من وجود علاقة عمل فعّالة بين أعضاء هيئة إدارة الانتخابات وبين الأمانة العامة تقسيم السلطات والمهام بوضوح بين الأعضاء وبين الأمانة العامة، ووجود سلطة هرمية بين الاثنين، والتعيينات على أساس الكفاءة والتي تولِّد الاحترام المتبادل. وحين تتكون الأمانة العامة لهيئة إدارة الانتخابات من موظفي الخدمة المدنية، بموجب النموذج المستقل، فمن المهم أن يتبعوا هيئة إدارة الانتخابات مباشرة، وألا يتبعوا جهة أخرى - حتى وإن كانت إدارة حكومية خارجية. وحيثما يستخدم النموذج المختلط أو الحكومي، يفضّل بشدة أن تكون تبعية موظفي الأمانة، بالنسبة للمسائل الانتخابية التي يباشرونها في هيئة إدارة الانتخابات الحكومية، إلى إدارة واحدة لنفس الأسباب.
ويدعِّم حضور رئيس الأمانة أو مرشحه لجميع اجتماعات هيئة إدارة الانتخابات العامة، كأحد المتحدثين المدعوين لإلقاء كلمة، أو كضيف أو كعضو في الهيئة دون أن يمتلك حق التصويت، أو كعضو كامل الحقوق في الهيئة، (كما هو الحال في أستراليا) الروابط بين أعضاء هيئة إدارة الانتخابات وبين موظفي الأمانة، ويضمن أن تستفيد جميع الاجتماعات من النصح في مجال عمل الهيئة من الناحية العملية.
