في البلدان الفيدرالية، قد يكون لكل هيئة من هيئات إدارة الانتخابات، على المستوى الوطني ومستوى المقاطعات أو الولايات، هياكل لامركزية منفصلة. أما طبيعة العلاقة القائمة بين تلك الهيئات، والصلاحيات والمهام الموكلة لكل منها، فتعتمد جميعها على ما تحدده النصوص القانونية. وهناك طرق مختلفة لتنظيم العلاقة بين هذه المؤسسات.
- في كل من أستراليا وكندا، تضطلع هيئة إدارة الانتخابات الوطنية بالمسؤولية عن الانتخابات الوطنية (الفيدرالية)، بينما تختص هيئات إدارة الانتخابات القائمة في الولايات بالانتخابات الخاصة بتلك الولايات والانتخابات المحلية.
- في البرازيل، تُلقى مسؤولية تنظيم كافة الانتخابات على عاتق هيئات إدارة الانتخابات في الولايات، بينما تختص هيئة إدارة الانتخابات الوطنية بجدولة وإعلان نتائج الانتخابات الوطنية.
- وفي الهند، تعود مسؤولية إدارة الانتخابات والإشراف عليها في كافة الولايات لهيئة إدارة الانتخابات الوطنية. بينما يقوم بتنظيمها وتنفيذها في كل ولاية المسؤول التنفيذي للانتخابات في كل منها، والذي يكون موظفًا عامًا تقوم هيئة إدارة الانتخابات الوطنية بتعيينه.
- وفي نيجيريا، تضطلع هيئة إدارة الانتخابات الوطنية بكامل المسؤولية عن الانتخابات الفيدرالية وانتخابات الولايات، بينما لا تختص هيئات إدارة الانتخابات القائمة في المحافظات سوى بالانتخابات المحلية.
- Iأما في روسيا الاتحادية فتعود مسؤولية الانتخابات الفيدرالية كافة إلى هيئة إدارة انتخابات مركزية لإدارة الانتخابات على المستوى الوطني، بينما تتحمل هيئات إدارة الانتخابات الإقليمية المسؤولية عن الانتخابات الخاصة بأقاليم البلد البالغة ٨٩ والتي يتألف منها الاتحاد، في الوقت الذي تضطلع فيه هيئات إدارة الانتخابات القائمة في المستويات المحلية الأدنى بالمسؤولية أمام هيئة إدارة الانتخابات المركزية فيما يتعلق بالانتخابات الفيدرالية، وأمام هيئات إدارة الانتخابات الإقليمية فيما يتعلق بانتخابات الجمهوريات والأقاليم والانتخابات المحلية.
- وفي سويسرا تنحصر مسؤولية هيئة إدارة الانتخابات الوطنية في وضع وتنسيق السياسات الانتخابية العامة، بينما تقوم السلطات المحلية بإدارة كافة العمليات الانتخابية.
وعلى الرغم من قيام المنافسة عادةً بين هيئات إدارة الانتخابات على المستويين الوطني والإقليمي في الأنظمة الفيدرالية، إلا أننا نجد كذلك أمثلة على التعاون فيما بينهما. ففي أستراليا على سبيل المثال تنص قوانين الولايات المختلفة على ضرورة التنسيق مع هيئة إدارة الانتخابات الوطنية في تحديث سجلات الناخبين الخاصة بالانتخابات المحلية وانتخابات المحافظات بشكل مشترك، بدلًا من قيام كل محافظة بإعداد سجلها الخاص. ولهذا النوع من التنسيق الذي تنص عليه قوانين الانتخاب فوائد جمّة فيما يتعلق بترشيد الكلفة وتوفير الموارد.