هناك أربعة مستويات قياسية للرقابة على الإدارة المالية لهيئة إدارة الانتخابات وهي: عمليات التصديق على الصرف والمشتريات، والرقابة الداخلية، والتدقيق الداخلي والتدقيق الخارجي أو التقييم. وهذه المستويات الرقابية ضرورية لضمان تصحيح الأخطاء ومنع الممارسات الفاسدة أو المخالفة للقانون. ويتمثل المستوى الأساسي لتلك الرقابة في إجراءات هيئة إدارة الانتخابات المتبعة لإقرار عمليات الصرف والمشتريات. وعادةً ما توكل القرارات المتعلقة بالصرف ضمن حدود معينة إلى كبار موظفي الأمانة العامة. أما العامل الهام لتنفيذ ذلك فيتمثل في توزيع الرقابة - كأن يُفرض، مثلًا، الحصول على موافقة كل من الجهات التالية على التعاملات:
- القسم التشغيلي الذي يطلب الموافقة على الارتباط المالي
- قسم الرقابة المالية الذي يتحقق من اتساق هذا الارتباط مع التوجهات الاستراتيجية لهيئة إدارة الانتخابات وسياساتها المالية
- قسم الصرف والذي يصدّق على دفع قيمة المعاملة
يتم تطبيق الرقابة الداخلية من خلال موظفي هيئة إدارة الانتخابات المسؤولين عن إدارة مواردها المالية على كافة المستويات. ويشمل ذلك رؤساء الأقسام المسؤولين عن مراقبة ومتابعة أداء موظفيها وإدارة موازنات أقسامهم. أما الرقابة المالية العامة فهي مسؤولية القسم المختص بإدارة كافة نفقات هيئة إدارة الانتخابات وتعاملاتها المالية، وهو عادةً القسم المالي، وذلك من خلال سجلات المحاسبة مثل الكشوفات العامة (دفتر الأستاذ) ودفاتر القيد اليومية والحسابات المعلّقة. ويقوم هذا القسم عادةً بالرقابة كذلك على الموازنة بالكامل وإعداد التقارير المالية الدورية، بما في ذلك تقديرات السيولة المالية.
تشكل بعض هيئات إدارة الانتخابات لجنة فرعية خاصة من بين أعضائها للشؤون المالية، والتي تقدم المشورة إلى الأمانة العامة فيما يتعلق بالمسائل المالية، وقد تتمتع أيضًا بالولاية القانونية لإقرار الموازنة المقترحة من هيئة إدارة الانتخابات وتعيين المدققين الخارجيين. وقد يكون هذا من الطرق الرشيدة للرقابة على النفقات، إلا أنه قد يعيق عمل هيئة إدارة الانتخابات إذا كانت الحدود متدنية جدًا.
كما قد يكون لدى هيئة إدارة الانتخابات مدقق داخلي للحسابات، والذي يكون من أعضاء الأمانة العامة الذين يهدفون إلى ضمان سير الأمور المالية بشكل سليم ومطابقة ميزانية هيئة إدارة الانتخابات وأداء موظفيها للتوجهات الاستراتيجية للهيئة. وللحفاظ على استقلال إجراءات التدقيق الداخلي لديها، عادة ما تقوم اللجنة برفع تقاريرها مباشرة إلى عضو من أعضاء هيئة إدارة الانتخابات أو رئيس الأمانة العامة، وليس من خلال أحد أقسام الأمانة العامة. ورغم أن الوظيفة الأساسية للتدقيق الداخلي تهدف إلى التأكيد على دقة ونزاهة الإدارة المالية لهيئة إدارة الانتخابات، إلا أنها يمكن أيضًا أن تلعب دورًا واسعًا في التطوير الداخلي والتقييم داخل الهيئة. حيث يمكنها إسداء النصح حول متطلبات التدقيق بالنسبة للأنظمة المختلفة، خاصة الأنظمة القائمة على التقنيات الجديدة؛ وإعطاء حافز للتغير من خلال تقارير التقييم الداخلي لعمليات هيئة إدارة الانتخابات التشغيلية.
كما تتضمن عملية الرقابة المالية التدقيق الخارجي، والذي يُجرى عادةً مرة واحدة سنويًا على الأقل، وكذلك عقب انتهاء الفعاليات الانتخابية الكبرى. وقد يكون تدقيق العمليات الانتخابية التي تتم في هيئات إدارة الانتخابات الحكومية، في ظل النموذج الحكومي والمكوِّن الحكومي من هيئات إدارة الانتخابات في ظل النموذج المختلط، كجزء من عمليات الرقابة الخارجية التي تخضع لها تلك الإدارة. ويمكن تنفيذ عمليات التدقيق الخارجية من قبل إحدى وكالات التدقيق الحكومية (في حال وجودها)، أو بواسطة أحد المتعاقدين من القطاع الخاص، للقيام بفحص كافة المعاملات المالية لهيئة إدارة الانتخابات خلال الفترة المعنية، وإعداد تقرير حول مدى خلوها من المخالفات، بالإضافة إلى تحديد مجالات الإدارة المالية التي تحتاج إلى تحسين.
تشمل المرحلة الأخيرة من الرقابة المالية لهيئة إدارة الانتخابات تقديم تقارير علنية، والتي تقدم عادةً إلى المجلس التشريعي، كما في غويانا ونيجيريا، تشتمل على تقارير الانتخابات أو التقارير السنوية الصادرة عن هيئة إدارة الانتخابات وكشوف الحسابات المالية المدققة. ويتطرق الفصل العاشر إلى مسألة آليات مساءلة هيئة إدارة الانتخابات بمزيد من التفصيل.