تتولى عملية التدقيق فحص وتقييم أنشطة هيئة إدارة الانتخابات بشكل نقدي وذلك في إطار يقتصر على معايير أهدافها الاستراتيجية المعلنة. وتُعدُّ عملية التدقيق الدورية وسيلة أساسية لضمان مساءلة هيئة إدارة الانتخابات عن أعمالها. وكما ذكر أعلاه يُستخدم التدقيق بشكل متزايد لأغراض أوسع نطاقا من مجرد اختبار الالتزام المالي، كما أن عمليات التدقيق تتولى أيضا تقييم ملاءمة وفعالية الاستراتيجيات والأساليب التنفيذية والأداء الخاص بالمنظمات التي تموَّل من مصدر عام في تقديم الخدمات إلى الجمهور.
وكما تخضع هيئة إدارة الانتخابات للمساءلة عن الأداء والأمور المالية فإن عملية تدقيق عمل هيئة إدارة الانتخابات يمكن أن تعتمد على الأداء (تركز على اقتصادية وكفاءة وفعالية أنشطتها) أو على النواحي المالية (فحص السجلات الحسابية لهيئة إدارة الانتخابات في ضوء معايير المحاسبة لتقييم كفاءتها ونزاهتها في التعامل مع الموارد المالية). ويمكن أن تعتمد عملية التدقيق كذلك على مزيج من الأداء والنواحي المالية، وربما تستند عمليات التدقيق إلى نطاق واسع (مثل فحص الأداء الكلي أو العمليات الشاملة لهيئة إدارة الانتخابات) أو تقتصر على نشاط أو نظام معين تنفذه هيئة إدارة الانتخابات.
وبغض النظر عن نوع عملية التدقيق، فهي تُجرى عادة وفقًا لمعايير التدقيق المهنية. وتتولى تقارير التدقيق، التي تنشر عادةً للجمهور، إما تأكيد الالتزام بتلك المعايير أو إيضاح الأسباب التي تحول دون ذلك وتبرير المعايير أو المنهجية المستخدمة. ويمكن أن تحدِّد عملية التدقيق الممارسات الجيدة وتلك السيئة، وأن تقيِّم ضوابط الإدارة التنفيذية أو المالية، وتحدّد مواضع عدم الالتزام بالقانون أو السياسات، والحالات التي يقع فيها انحراف عن الاستقامة المالية والنزاهة في تنفيذ العمليات؛ بالإضافة إلى بيان التحسينات التي جرت منذ انتهاء عمليات التدقيق السابقة، وكذا تقييم ملاءمة الأساليب والنظم المستخدمة أو مستويات الخدمة المقدمة لتحقيق أهداف هيئة إدارة الانتخابات.
يجب أن يتصف التقرير الخاص بعملية التدقيق دائما بالمهنية والموضوعية والواقعية والدقة والاكتمال والإنصاف، وأن يراعي التأكيد على الإنجازات الإيجابية لهيئة إدارة الانتخابات وكذلك تحديد الإخفاقات. ومن بين الممارسات الجيدة أن يناقش أعضاء فريق التدقيق مسودة استنتاجاتهم وتوصياتهم مع هيئة إدارة الانتخابات، وأن تُمنَح الهيئة الوقت الكافي للرد عليها، وأن توضع ردود الهيئة في الاعتبار قبل استكمال تقرير التدقيق وإعلانه على الملأ.