تعتبر طبيعة وهيكل المؤسسات التي تعمل في إدارة الانتخابات أو تقدم الخدمات الانتخابية من بين أهم جوانب الإصلاح الانتخابي. فالإصلاحات في هذا المجال قد تزيد استقلال هيئة إدارة الانتخابات – مثلًا من خلال تبني الإدارة الانتخابية ذات النموذج المستقل في دول مثل بوتان وتونغا أو النموذج المختلط في تيمور الشرقية. وقد يعاد تخصيص المسؤوليات الانتخابية بين الهيئات القائمة و/أو الجديدة لتشجيعها على تقديم خدمات أفضل – كما في نيوزيلندا والسويد والمملكة المتحدة. ففي السويد بادرت هيئة إدارة الانتخابات نفسها بإصلاح الإدارة الانتخابية. وفي إندونيسيا في الفترة من 1998 – 1999 وفي المملكة المتحدة بادرت الحكومة بإجراء الإصلاحات. كما قد يدفع الضغط من المجتمع المدني المحلي أو الجماعات الدولية إلى تنفيذ إصلاحات في ترتيبات إدارة الانتخابات كما حدث في جورجيا وليبيريا.
قد يكون لإصلاحات العمليات الانتخابية، مثل إدخال نظام انتخابي جديد، تأثيرٌ كبير على استراتيجيات هيئة إدارة الانتخابات وسياساتها وإجراءاتها. وقد تستهدف الإصلاحات قضايا انتخابية أساسية مثل المشاركة في الانتخابات والتمثيل وترسيم حدود الدوائر الانتخابية وتسجيل الناخبين وتسجيل الأحزاب السياسية والإشراف عليها وتحسين النزاهة الانتخابية. وقد تستهدف أيضًا جوانب فنية أو تقنية محددة في العملية الانتخابية مثل إدخال عمليات شراء أو توظيف جديدة، وأنظمة تسجيل ناخبين أو طرق أو أنظمة تصويت وفرز أصوات. وربما تشمل سياسات اجتماعية مثل تقليل عدم التوازن بين الجنسين في التمثيل وتحسين وصول القطاعات المهمشة من المجتمع إلى العمليات الانتخابية أو تحسين درجة تمثيل فريق هيئة الإشراف على الانتخابات.
وكما في إندونيسيا وبابوا غينيا الجديدة ونيوزيلندا فإن إصلاح النظام الانتخابي كان أحد أهم الإصلاحات بعيدة المدى في إدارة الانتخابات. وغالبًا ما ينتج عن حاجة ماسة لإدراك "عدم عدالة" التمثيل أو عدم فاعلية الحكومة أو عدم الاستجابة. ففي عام 2003 غيرت إندونيسيا نظامها الانتخابي من التمثيل النسبي بالقائمة المغلقة في دوائر انتخابية كبيرة للغاية إلى التمثيل النسبي بالقائمة المفتوحة في دوائر انتخابية صغيرة حتى تواجه النقص الواضح في التواصل بين الناخبين والممثلين، مع الحفاظ على الطبيعة التوافقية للحكومة الإندونيسية. ويضع إصلاح النظام الانتخابي مسؤولية الإعلام على عاتق هيئة إدارة الانتخابات، وقد يتطلب منها تنفيذ طرق جديدة لترسيم حدود الدوائر الانتخابية والتصويت وفرز الأصوات.
يمكن أن تضطلع هيئات إدارة الانتخابات بدور هام في إصلاح ترسيم حدود الدوائر الانتخابية مثلًا بوصفها مؤيدة لعمليات ترسيم الحدود تتميز بالشفافية والمساواة أو بتقديم الآراء الخبيرة حول قضايا ترسيم الحدود، وضمان تحمل مسؤولياتهم عن عمليات ترسيم الحدود بحياد وتكافؤ. وقد أدخلت بعض الإصلاحات الانتخابية دوائر متعددة الأعضاء حيث يمكن لهذا النوع من الأنظمة، والذي عادة ما يعتمد على التمثيل النسبي، أن يقلل تأثير الحدود الانتخابية على نتائج الانتخابات. وقد تطلبت إصلاحات أخرى عمليات ترسيم حدود طبقا لمبدأ "شخص واحد وصوت واحد وقيمة واحدة". وحاولت بعض الإصلاحات جعل عمليات ترسيم الحدود أكثر شفافية وموضوعية على سبيل المثال، من خلال استبعاد السلطة التشريعية من عملية ترسيم الحدود وتكليف جهة مستقلة بمسؤولة ترسيم الحدود والمطالبة بجلسات استماع ومراجعة مستقلة للحدود المقترحة.
اجتذبت عملية تسجيل الناخبين الكثير من جهود التحديث في الديمقراطيات الوليدة والديمقراطيات الراسخة. ويحدد تسجيل الناخبين قدرة الناخبين المؤهلين على المشاركة في الانتخابات، وبهذا فإنه أهم عناصر نزاهة الانتخابات. ونظرًا لأنه غالبًا ما يتم قبل يوم الانتخابات، وبدون تدقيق مباشر من المراقبين (خاصة عندما تستمد السجلات الانتخابية من سجلات السكان أو السجلات المدنية) يجب أن تحقق أنظمة تسجيل الناخبين بأعلى درجات النزاهة. وقد استهدفت الإصلاحات بدرجة متزايدة كفاءة عمليات تسجيل الناخبين وكذلك نزاهة تلك العمليات، فغالبًا ما شملت إدخال البيانات الحيوية وتجميع هذه البيانات ومعالجتها بهدف محدد هو تقليل نطاق التسجيل المتعدد أو انتحال شخصية الناخبين و/أو التصويت أكثر من مرة.
نفذت الكثير من هيئات إدارة الانتخابات أنظمة لتحسين شمول عملية تسجيل الناخبين وعدالتها ودقتها وشفافيتها من خلال اشتراط تحديث تسجيل الناخبين باستمرار وأحكام التسجيل الخاصة للناخبين المتنقلين وضمانات عدم رفض التسجيل أو الحذف بطريق الخطأ من السجل الانتخابي. وتقوم هيئات إدارة الانتخابات والجهات الأخرى المسؤولة عن الاحتفاظ بالبيانات التي تؤخذ من السجلات الانتخابية بتحسين نزاهة السجلات الانتخابية من خلال تحسين طرق التحقق من هوية الأفراد المؤهلين وتقليل أزمنة معالجة البيانات، وهو ما يحدث غالبًا باستخدام الحلول التقنية الحديثة. وينبغي على هيئات إدارة الانتخابات ضمان حصول الحلول التقنية لتسجيل الناخبين على ثقة المواطنين وضمان استدامتها، خاصة في الديمقراطيات الناشئة حيث قد تكون مستويات الدعم المالي المستقبلي لهيئات إدارة الانتخابات فيها غير مؤكدة.
كان هناك إصلاحات واضحة في الدور الذي تؤديه هيئات إدارة الانتخابات في رصد أنشطة الأحزاب السياسية وتنظيمها. وكان بعض هذه الإصلاحات نتيجة لإصلاحات قانونية تحقيق تكافؤ الفرص في ساحة المنافسة السياسية – مثل إصلاحات إدارة تمويل الدولة للأحزاب السياسية والحملات الانتخابية للمرشحين والمؤهلات المطلوبة لتسجيل الأحزاب والمرشحين للمنافسة في الانتخابات. بينما استهدفت إصلاحات أخرى تحسين الإشراف على إسهامات الحملة والإنفاق عليها والديمقراطية الداخلية للأحزاب السياسية – مثل الإشراف على عمليات اختيار المرشحين. وقد ألقت إصلاحات تشجيع تكافؤ الفرص في الانتخابات المسؤولية على بعض هيئات إدارة الانتخابات عن إدارة الترتيبات التي تتطلب من الإعلام إتاحة فرص متساوية للإعلان عن الحملات أو متابعة تلك الإجراءات ومراقبتها.
يطرح عدد كبير من هيئات إدارة الانتخابات طرق تصويت جديدة. فقد استبدلت البرازيل والهند وبوتان وفنزويلا التصويت اليدوي بماكينات التصويت الإلكتروني، بينما أدخلت إستونيا التصويت عن طريق الإنترنت. ويناقش الفصل التاسع من هذا الدليل الكثير من القضايا التي يجب دراستها عند إصلاح العمليات الانتخابية بإدخال التصويت الإلكتروني.
بُذِلَت جهودٌ ملموسة لتيسير وتوسيع المشاركة في الانتخابات. حيث تمت إتاحة تسجيل الناخبين في بعض الأحيان لمن هم خارج البلاد أو من ليس لديهم محل إقامة ثابت أو المسجونين. وقد اتسعت إتاحة الاقتراع للكثيرين من خلال إدخال التصويت الغيابي أو التصويت البريدي أو التصويت قبل الاقتراع (المبكر) بما في ذلك إدخاله للناخبين خارج البلاد، ومن خلال توفير مرافق خاصة لمعلومات الناخبين والتصويت الخاصة للاجئين والأشخاص المشردين داخليًا والمعاقين والمسنين والمقيمين في المناطق النائية أو في السجون أو في المستشفيات. وكان على هيئات إدارة الانتخابات أن تستجيب لكل هذه الإصلاحات بطرح إجراءات وأنظمة تمكن من زيادة المشاركة مع الحفاظ على درجة عالية من النزاهة في تسجيل الناخبين وعمليات التصويت والفرز. يحظى التصويت عبر الإنترنت بالكثير من البحث في الوقت الحالي ويمثل تحديًا لهيئات إدارة الانتخابات التي قد تفكر في تبنيه واعتماده، حيث أن مجموعات المهارات اللازمة لإدارة هذه العملية تكون مختلفة اختلافًا جذريًا عن تلك التي توجد في هيئات إدارة الانتخابات التي تدير طرق التصويت التقليدية.
تجدر الإشارة إلى أن الإصلاحات التي أدت إلى انتشار طرق التصويت المختلفة أو بشكل أعم إلى سلسلة من النماذج المختلفة لأداء وظيفة معينة يرجح أن تكون أكثر تحديًا لهيئة إدارة الانتخابات من الإصلاحات التي تتضمن تحديث آلية واحدة باستبدالها بآلية واحدة مختلفة.
استهدف إصلاح المشاركة في الانتخابات في بعض الدول توفير مشاركة متساوية لفئات بعينها في المجتمع وللمرأة. وقد يتحتم استكمال هذه الإصلاحات بطريقة متكاملة في المجالات القانونية والإدارية والسياسية. ويمكن أن تشجع هيئات إدارة الانتخابات تكافؤ المشاركة بالتمسك بها في توظيف فريق عملها مثلًا من خلال اشتراط التوازن بين الجنسين في التوظيف المؤقت لمحطات الاقتراع واستخدام برامج التطوير المهني الداخلية من أجل ضمان ارتقاء المرأة إلى وظائف إدارة هيئة إدارة الانتخابات.