Le financement de beaucoup d’OGE de modèle indépendant, par exemple au Costa Rica, au Ghana et en Namibie, fait l’objet d’un poste distinct du budget national et est versé directement à l’OGE par le Trésor. Pour d’autres, le budget est versé à l’OGE par un ministère public (p. ex. le ministère des Affaires intérieures en Afrique du Sud et le ministère de la Législation en Inde).
Les budgets des OGE de modèle gouvernemental font habituellement partie du budget du ministère responsable de la mise en œuvre des processus électoraux, comme au Danemark et à Singapour. Le budget d’un OGE de modèle mixte peut relever d’un ministère hiérarchique, tel que le ministère de l’Intérieur en Espagne. Au Sénégal, le composant « surveillance » de l’OGE est directement financé par le pouvoir législatif, tandis que la mise en œuvre électorale, qui est assurée par la Direction générale des élections du ministère de l’Intérieur, est financée par le biais de ce ministère.