Le maniement des instruments de démocratie directe (référendums, initiatives citoyennes et votes de destitution) soulève des questions qui sont, pour la plupart, semblables à celles soulevées par la conduite des élections. Parmi les questions particulières à ces procédures figurent le choix des mots lors de la formulation de la ou des questions à soumettre aux électeurs, l’utilisation correcte des procédures liées à la convocation de scrutins de démocratie directe (une question qui a soulevé la polémique lors du vote de destitution pour la présidence du Venezuela en 2004) et la réglementation des campagnes électorales et de l’éducation électorale. Dans l’État américain de l’Oregon, l’OGE est tenu de distribuer à chaque foyer une synthèse des prises de position des citoyens sur chaque question soumise à référendum. Les OGE sont habituellement responsables de l’organisation à la fois des élections et des instruments de démocratie directe.