Un OGE doit généralement établir une série de règlements qui gouvernent le fonctionnement interne de ses opérations. Ceux-ci peuvent traiter de questions administratives, financières et techniques, telles que l’intégrité et la sécurité du personnel, l’autorisation de parler aux médias, les modalités des réunions et leurs ordres du jour, la composition des comités internes, le contrôle de la logistique, les acquisitions, le contrôle des biens, les débours financiers et la gestion des dossiers. Ces règlements peuvent avoir plus de poids s’ils doivent être adoptés et publiés officiellement par les membres de l’OGE (ou le chef du secrétariat, dans le cas d’un OGE de modèle gouvernemental).
Les OGE peuvent déléguer à des membres spécifiques du secrétariat le pouvoir d’établir certaines règles internes moins importantes. La distribution de ces règles à tous les membres et le personnel de l’OGE (aussi bien dans les bureaux régionaux/locaux que dans les bureaux centraux) favorise l’adhésion à ces règles. Il faut prévoir des sanctions claires et exécutoires en cas d’infraction. Les procédures d’application des règles doivent être également définies de manière complète et ouverte, et suivre des principes de justice acceptés. Pour les OGE de modèle gouvernemental et les autres OGE utilisant le personnel de la fonction publique, les règlements appropriés de la fonction publique peuvent être automatiquement applicables, moyennant certaines adaptations pour l’OGE, au besoin.